박테리아 연구소

Cutibacterium acnes는 이름 때문에 여드름을 일으키는 병원균으로만 생각하기 쉽지만 실제로는 건강한 사람의 피부에도 흔하게 존재하는 상재균이다. 특히 피지가 많은 모낭 깊숙한 곳에서 잘 살아가며 청소년기 이후 피부 미생물군의 중요한 구성원이 된다. 과거에는 Propionibacterium acnes라는 이름으로 불렸지만 유전체 기반 분류 연구를 거쳐 2016년 Cutibacterium 속으로 옮겨졌고, 현재 Cutibacterium acnes가 유효하게 공표된 정명이다. 표준균주는 ATCC 6919, DSM 1897, NCTC 737 등이다. 문제는 이 세균을 가진 사람 가운데 일부에서만 염증성 여드름이 나타난다는 점이다. 최근 연구는 단순히 C. acnes의 양이 많고 적은가보다 어떤 계통..

치아 표면은 맨 에나멜이 그대로 노출된 상태가 아니다. 양치 뒤에도 침 속 단백질과 당단백질이 빠르게 달라붙어 획득피막이라는 얇은 막을 만들고, 구강 세균은 이 표면을 발판으로 치태 생물막을 형성한다. Streptococcus mutans는 치아우식과 강하게 연관된 대표 세균이지만 충치가 이 세균 하나 때문에 생기는 것은 아니다. 현재 치아우식은 식이성 당, 타액, 치아 표면, 다양한 산 생성·산 내성 미생물이 함께 만든 생태적 불균형으로 이해된다. S. mutans가 특히 잘 연구되는 이유는 치아 표면에 붙는 능력, 자당으로 끈적한 다당류를 만드는 능력, 당을 발효해 산을 만드는 능력과 산성 환경을 견디는 능력이 한 종 안에 함께 있기 때문이다. Streptococcus mutans Clarke 192..

하수에는 생활하수와 음식물, 세제 등에서 나온 인이 포함되어 있다. 인은 생물에게 꼭 필요한 원소이지만 처리되지 않은 채 강이나 호수로 많이 흘러가면 조류 증식과 부영양화를 촉진할 수 있다. 하수처리장에서는 화학약품으로 인을 침전시키는 방법뿐 아니라 미생물이 인을 세포 안에 축적하도록 유도하는 고도 생물학적 인 제거, 즉 EBPR을 이용한다. 이 과정에서 오랫동안 핵심적인 폴리인산 축적 미생물로 연구된 계통이 Candidatus Accumulibacter이다. 과거에는 많은 유전체와 연구 결과가 Candidatus Accumulibacter phosphatis라는 하나의 이름 아래 묶였지만, 최근 유전체 연구에서는 이 집단 안에 여러 종과 계통이 존재한다는 사실이 확인됐다. 따라서 Candidatus A..

사람의 대장 안쪽은 단순히 장세포가 드러난 표면이 아니라 점액층으로 덮여 있다. 그 점액의 주성분인 뮤신을 먹이로 삼는 대표적인 세균이 Akkermansia muciniphila다. 이 세균은 2004년 사람의 대변에서 분리된 MucT 균주를 바탕으로 처음 기술됐으며, 산소가 없는 배지에서 위 점막 유래 뮤신을 유일한 탄소원과 질소원으로 제공했을 때 자랐다. 현재 Akkermansia muciniphila는 유효하게 공표된 정명이고 표준균주는 MucT이며 ATCC BAA-835, DSM 22959 등과 연결돼 있다. 최근에는 비만과 대사질환 연구에서 자주 언급되면서 '차세대 유익균'이라는 표현까지 붙지만, 장 점액을 분해한다는 생태적 기능과 사람에게 건강 효과가 있다는 임상적 결론은 구분해서 볼 필요가 ..

프로바이오틱스를 먹으면 그 세균이 장에 정착해 계속 살아갈 것이라고 생각하기 쉽다. 그러나 사람의 장은 이미 수많은 미생물이 자리를 차지하고 있는 생태계이므로 외부에서 들어온 균주가 영구적으로 자리 잡는 일은 단순하지 않다. 대표적인 프로바이오틱 균주 Lacticaseibacillus rhamnosus GG도 이 점을 잘 보여준다. GG는 종 이름이 아니라 Lacticaseibacillus rhamnosus에 속하는 특정 균주이며 ATCC 53103으로 보존돼 있다. 과거 논문에서는 Lactobacillus rhamnosus GG라는 이름이 사용됐지만 2020년 Lactobacillus 속의 재분류 이후 현재는 Lacticaseibacillus rhamnosus GG로 부른다. 사람 대상 연구에서는 섭취..

사람의 위는 강한 산성 환경 때문에 많은 세균이 오래 살아가기 어렵다. Helicobacter pylori도 산을 좋아하는 세균은 아니다. 성장에 적합한 환경은 중성에 가깝지만, 위 점액층 안에서 산에 적응하고 상피 가까운 곳으로 이동하면서 오랫동안 정착할 수 있다. 현재 Helicobacter pylori는 유효하게 공표된 정명이며, 처음에는 Campylobacter pylori로 불렸으나 1989년 Helicobacter 속으로 옮겨졌다. 표준균주에는 NCTC 11637, ATCC 43504, JCM 12093 등이 같은 균주에 연결돼 있다. 한편 병원성 연구에서는 26695, J99, G27 등 서로 다른 연구 균주가 사용되므로 특정 균주의 결과를 종 전체의 동일한 성질로 확대해서는 안 된다.ure..

넓은 외해의 표층은 햇빛이 풍부해 보여도 세균이 바로 이용할 수 있는 유기물과 질소·인 같은 영양분은 낮은 농도로 흩어져 있다. 그런데 SAR11 계통은 이런 빈영양 해역에서 매우 풍부하게 관찰되는 해양 세균 집단 가운데 하나다. 대표 배양 균주 HTCC1062는 오랫동안 Candidatus Pelagibacter ubique라는 이름으로 연구돼 왔다. 현재 LPSN은 ubique를 부정확한 철자의 이름으로 분류하고 교정된 이름인 Candidatus Pelagibacter communis를 pro-correct name으로 제시한다. NCBI Taxonomy에서도 Candidatus Pelagibacter communis를 현재 이름으로, Candidatus Pelagibacter ubique를 같은 명..

열대와 아열대의 맑은 외해를 떠올리면 생물이 많지 않은 푸른 물만 보이지만, 그 안에는 지름이 약 0.5~0.7마이크로미터에 불과한 광합성 세균 Prochlorococcus가 매우 많은 수로 존재한다. Prochlorococcus marinus는 산소를 발생시키는 남세균 계통으로, 매우 작은 세포가 햇빛과 이산화탄소, 무기 영양염을 이용해 유기물을 만든다. 현재 LPSN은 Prochlorococcus marinus Chisholm et al. 2020을 국제조류·균류·식물명명규약 아래 유효하게 공표된 정명으로 다루며 MIT 9313과 연결된 표본을 기준으로 제시한다. 1992년에 제안된 같은 철자의 이름은 세균 명명규약에서 유효하게 공표되지 않은 이름으로 별도 기록돼 있다. 오래된 논문을 읽을 때 이 명..

흙냄새와 항생물질로 잘 알려진 Streptomyces는 둥글거나 막대 모양으로 분열하는 일반적인 세균과 모습이 다르다. 포자가 발아하면 가느다란 균사가 가지를 치며 퍼지고, 영양이 줄어들면 공기 중으로 균사를 세운 뒤 수십 개의 포자가 이어진 사슬을 만든다. 하나의 유전체를 가진 세균 집단이 위치와 성장 단계에 따라 서로 다른 역할을 맡는 분화 과정이다.연구에서 흔히 Streptomyces coelicolor A3(2)로 부르는 균주는 분류학적 주의가 필요하다. DNA 비교에서는 S. coelicolor의 표준 균주보다 Streptomyces violaceoruber 표준 균주에 가까운 것으로 확인됐다. 그럼에도 수십 년간 축적된 유전학 문헌과 데이터베이스에서는 A3(2)라는 기존 이름이 계속 사용된다...

세균의 이분법은 같은 모세포가 비슷한 두 딸세포로 갈라지는 과정처럼 보인다. 그러나 Caulobacter crescentus CB15는 한쪽에 자루가 달린 부착세포와 반대쪽에 편모가 달린 유영세포를 동시에 만든다. 두 딸세포는 유전체 염기서열은 같지만 태어난 직후의 형태와 이동성, DNA 복제 가능성이 서로 다르다. 세포 안의 단백질과 신호물질이 분열 전에 양쪽 극으로 다르게 배치되기 때문이다.CB15는 미국 캘리포니아의 수돗물에서 분리됐으며 ATCC 19089, DSM 4727, VKM B-1496 등으로 보존된다. 오래도록 Caulobacter crescentus의 표준 균주로 알려졌지만 현재 LPSN은 이 이름을 Caulobacter vibrioides의 이명으로 처리하고 CB15를 C. vibri..